En 1182 les chanoines du chapitre de l’église collégiale de Sainte-Madeleine décident de créer l'hôpital Saint-Jacques-des-Arènes à Besançon avec quatorze lits. En 1436 l'hôpital est rattaché à l'Ordre des hospitaliers du Saint-Esprit pour secourir les pauvres, les malades et les enfants perdus.
En 1686 l'archevêque de Besançon Antoine-Pierre de Grammont demande la construction d'un nouvel hôpital Saint-Jacques plus important près de l'actuelle promenade Chamars. Les travaux durent de 1686 à 1703 suivant un plan en « U ». Il devient par lettre patente du roi Louis XIV, un hôpital général. À la fin des travaux, Besançon possède l'un des plus beaux hôpitaux du royaume. Une grille monumentale (remplacée aujourd'hui par une copie) lui a été ajoutée en 1703, ainsi qu'une grande statue de Saint-Jacques au XVIIIème siècle, dans la cour d'honneur. La chapelle du Refuge a été érigée à la même époque par l'architecte Nicolas Nicole .
L'apothicairerie de l'hôpital est l'une des plus anciennes de France. Fondée dès le XVIIème siècle, elle abrite plus de 250 pots, 200 coffrets et de nombreux ustensiles. Dans ces lieux se trouve le Musée de l'Anesthésie et des Techniques Médico-Chirurgicales. Il est situé dans un bloc opératoire original et classé au titre de l'inventaire des monuments historiques depuis 2012.
L'Hôpital Jean Minjoz, inauguré en 1982, a pour objectifs la remontée des services situés à l'hôpital Saint-Jacques du centre-ville. Le transfert des services de Saint-Jacques a débuté en 2012 et doit se terminer jusqu'en 2022/2023. Saint-Jacques, libéré des services hospitaliers, va faire l’objet d’une opération d’urbanisme de grande ampleur baptisée « Cité des savoirs et de l’innovation ».
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