Un établissement religieux est mentionné dès le IXème siècle. Avec l’arrivée de l’abbé Bernon, venu de Gigny, s’installe un monastère dédié à Saint-Pierre. Au XIème siècle il deviendra un des plus important de Franche-Comté, en 1147 il est rattaché à l’ordre clunisien et va perdre de son importance. L’église est construite au XIème et couverte d’ogives au XIVème. Aux XII et XIIIème les absides latérales sont démolies et remplacées par une construction gothique. La façade est retouchée au XVème et L’abbé Henri de Salins y fait percer grand portail sculpté. Au XVIème l’abbé Guillaume II de Poupet fait ériger une flèche octogonale sur la tour sud. Le cloitre est démoli en 1806. Grâce à l’intervention de Prosper Mérimée, l’église est inscrite aux monuments historiques en 1849.
L’église renferme un riche mobilier dont le retable flamand du XVIème. L’abbaye se compose d’une série de bâtiments : palais abbatial, maisons cononiales, ancienne hôtellerie flanquée d’un donjon datant de la guerre de cent ans et nombreuses cours intérieures.
Le retable de l’abbaye de Baume les Messieurs date du XVIème siècle, il à été offert par la ville de Gand (Belgique) à l’abbé de Baume les Messieurs Guillaume de Poupet, membre du conseil de gouvernement de la Franche-Comté en 1525. Ses 25 panneaux faits de chêne des bords de la Baltique sont consacrés à la vie du Christ. Il mesure 3m de haut et 5,6m de long, il est l’un des plus grands retables d’Europe et constitue un œuvre majeur de l’art flamand de l’époque. Il a subi une première restauration en 1994 et vient d’être à nouveau restauré en 2003.
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